La collaboration entre l’Agence de l’Eau Loire Bretagne (AELB) et l’Aquapôle (anciennement CEME) pour l’application de Pegase à son bassin a commencé en 2000 par une application « pilote » du modèle au bassin du Cher (15 000 km²).

Suite à l’évaluation positive de cette application pilote, l’AELB a demandé de développer une application pour l’ensemble de son bassin. Vu la dimension du bassin géré par l’Agence, trois applications distinctes ont été générées en 2005 : une pour la Bretagne (534 rivières, 8 321 km), une pour les côtiers vendéens (112 rivières, 2 184 km) et une pour la Loire proprement dite (1 125 rivières, 27 750 km).

Après cette première application, les bases de données géographiques ont été régulièrement améliorées pour prendre en compte l’ensemble des masses d’eau du bassin. Actuellement, elles reprennent :

• Pour la Loire : 51 720 km de rivières (réseau de 5 560 rivières), pour 118 000 km² de bassin versant ;
• Pour la Bretagne : 14 170 km de rivières (réseau de 1 910 rivières), pour 30 060 km² de bassin versant ;
• Pour les côtiers vendéens : 3 890 km de rivières (réseau de 501 rivières), pour 8 660 km² de bassin versant.

En 2020, une fusion des trois domaines a été réalisée, ainsi qu'une nouvelle digitalisation avec des mailles de 500m et des noeuds tous les 200m pour l'ensemble du bassin. Quelques rivières ont été ajoutées au passage.
Il en résulte un arbre de 8495 rivières pour une longueur totale de 73 300 km sur un bassin de 155 000 km² menant à près de 327 000 noeuds Pegase.

L’AELB utilise elle-même le modèle Pegase depuis 2005, d’abord via une connexion à distance au serveur de l’Aquapôle, puis, depuis 2011, sur ses propres PC avec la version PegOpera.