La collaboration entre l’Agence de l’Eau Adour-Garonne (AEAG) et l’Aquapôle (anciennement CEME) pour l’application de Pegase à son bassin a commencé en 2003 par le développement d’une application « pilote Â» du modèle à l’ensemble du bassin.

Cette application a été régulièrement améliorée, tant en ce qui concerne le réseau modélisé que les bases de données rejets. Actuellement, l’application, dernièrement mise à jour par l'Agence elle-même, reprend 60 534 km de rivières (réseau de 8 313 rivières) pour 116 800 km² de bassin versant (bassins versant de l’Adour, de la Garonne, de la Dordogne, de la Charente et de petits bassins côtiers).

L’AEAG utilise elle-même le modèle Pegase depuis 2005 via une connexion à distance au serveur de l’Aquapôle. Elle utilise la version PegOpera sur PC depuis 2013.